PCR反应的最大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性，但令人头痛的问题是易污染，极其微量的污染即可造成假阳性的产生。面对众多的污染源，比如样本交叉污染、试剂仪器交叉污染、克隆质粒污染、PCR扩增产物污染、还有极容易忽视的气溶胶污染，气溶胶是由固体或液体小质点分散并悬浮在气体介质中形成的胶体分散体系，在空气与液体面摩擦时，比如在操作时比较剧烈地摇动反应管，开盖时、吸样时及污染进样枪的反复吸样都可形成气溶胶而污染。这样的污染来的悄无声息，防不胜防。

 
虽然这些污染对PCR实验结果的影响已经受到了广泛重视，多数PCR实验室对污染控制都采取了各种办法，比如定期大扫除清理、划分操作区域、试剂分装、操作谨慎、重复实验、多角度验证结果。但是微量的核酸片段就能被扩增，所以对污染物的控制不仅仅是做到这些就能够杜绝和避免的，关键是需要从源头控制。目前多数生物试验室，分子实验每天都在大规模进行，污染源已经无处不在，特异性的，非特异性的，同源的，非同源的，广泛分布在样本容器、实验室台面，试剂溶液中、仪器表面内管附着等等。以下就是为了清除这些污染源研究出来的方法： 解决PCR实验室检测被污染的方法
1、酒精擦拭：将核酸沉淀，擦拭后保证污染表面污染得到一定程度的缓解（简单、方便、成本低）。
2、修饰：标记遗传物质，阻止聚合酶与核酸的结合，从而抑制DNA扩散（效果相对较好）。
3、酶解：酶可将长链的核酸分子降解成小片段（速度快、效果效果相对相对较好）。
4、高压变性：高压可以将核酸降解成20-30bp的小片段（彻底、成本低）。
5、紫外照射：PCR产物中嘧啶碱基会形成二聚体，延伸终止（方便、范围广、成本低）。
 
有实验室的地方，就不可避免的会出现实验室污染。实验室的污染，不仅会影响实验与科研的质量和效果,还对实验室工作人员的身体健康有损害。一个好的PCR实验室，应当时刻注意污染的监测，考虑有无污染是什么原因造成的污染，以便采取措施，防止和消除污染。金华泰集团在医学、医院、临床、分子生物检测领域提供实验室、化验室、检验科、科室的整体设计、装修、建设、改造工程，可提供PCR实验室设计方案、PCR实验室装修方案、PCR实验室建设方案，PCR实验室改造方案，集实验室通风、实验室洁净(净化)、实验室给排水、实验室配电、实验室供气、实验室三废处理(环保)等